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机械设计制造及其自动化专业始自1952年开办的内河轮机管理专业和港口机械专业，历经船体制造与修理和船机制造与修理两个本科专业，机驾合一、工程机械、道路施工机械化与养护、机电与液压传动、机电一体化、应用电子技术等专科专业，2000年开办了机械设计制造及其自动化本科专业。经过60多年的办学历程，人才培养质量获得了良好的社会声誉。
专业现为教育部“卓越工程师教育培养计划”第一批试点专业和“CDIO工程教育模式”第二批试点专业，被列为黑龙江省“十二五”重点建设专业。参与了教育部应用技术大学改革试点战略研究项目、黑龙江省“特色应用型本科院校试点”、“人才培养模式创新实验区试点”等一系列重大改革项目。2016年通过工程教育专业认证。
专业坚持以能力培养为核心，以实际工程为背景，以工程技术为主线，不断改革人才培养模式，积极探索工程教育模式，按照学校“地方性、应用型、国际化”的办学定位，全面深化教育教学改革，积极探索面向生产一线人才的特色之路，确立了“服务地方经济建设，面向装备制造行业，培养工程一线人才，为机械行业生产建设和管理提供技术和智力支持”的人才培养定位。培养的学生具有较强的适应能力和实践能力，具有良好的工程意识、职业习惯、职业态度，工作积极主动，毕业生广受用人单位欢迎，近三年，就业率保持在98%以上，就业前景良好。形成了一支综合素质高、结构合理，治学严谨，师德高尚，面向生产一线，熟悉现代工程技术的师资队伍。建设了功能完善的实验室。